Фамилия Букато — редкий случай, когда географическое происхождение проясняет больше, чем разбор корня. Она характерна для украинской и южнорусской ономастики, а её основа — не имя и не профессия, а прозвище, связанное с характером или поведением.

В основе лежит украинское слово «букатий» — надутый, сердитый, угрюмый. В диалектах так говорили о человеке, который ходит с недовольным видом, «букой». Суффикс -ат- в украинском языке образует прилагательные со значением обладания признаком: «букатий» — тот, кто имеет свойство буки. А окончание -о типично для украинских фамилий, образованных от прозвищ: Букато, Головато, Лобато. То есть фамилия буквально означает «угрюмый», «насупленный». Вряд ли это было оскорблением — скорее, меткой внешней манеры, которая закрепилась за человеком и перешла к потомкам.

Менее вероятная версия — связь с глаголом «букать» (издавать глухой звук, ворчать). В некоторых говорах «бука» — не только сказочное существо, но и молчун, нелюдим. В этом случае смысл тот же: прозвище по поведению. Польские или белорусские параллели (Bukato) встречаются, но там форма чаще указывает на корень «бук» (дерево) — однако для славянских фамилий суффикс -ат- в значении «обладающий» нехарактерен для деревьев, так что версия с деревом слабая.

Фамилия зафиксирована в реестрах казачьих войск, особенно в Запорожье и на Кубани. Это объяснимо: прозвищные фамилии на -о широко бытовали в среде казаков, где фиксировали индивидуальные черты. В метрических книгах XIX века Букато встречаются в Полтавской и Харьковской губерниях, а также в Области Войска Донского. Сегодня носители рассеяны по Украине и югу России.

С точки зрения словообразования фамилия уникальна тем, что сохранила старую украинскую модель без фамильного суффикса (-енко, -ук, -ов). Это «чистое» прозвище в именительном падеже, которое не склонялось и не русифицировалось — редкий случай, когда фамилия не подгонялась под стандарты Российской империи.