Фамилия Букунина — женская форма, а мужская, Букунин, образована по типичной русской модели с суффиксом -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Букунин буквально означает «сын (или потомок) Букуни». В центре внимания здесь не имя, а прозвище или мирское имя Букуня.

Корень «бук-» в русских говорах многозначен. Самая прямая версия — от слова «бука»: так в народе называли угрюмого, нелюдимого человека, а также вымышленное страшилище, которым пугали детей. Прозвище Бука, а затем и уменьшительное Букуня, мог получить замкнутый, суровый или обидчивый человек. Менее вероятная, но возможная связь — с глаголом «букать» (издавать глухой звук, мычать) или с диалектным «бук» (шум, гул). В таком случае прозвище относилось бы к человеку с громким голосом или невнятной речью.

Интересно, что фамилия Букунин не имеет отношения к книжной культуре (от «буква»), хотя внешнее сходство может ввести в заблуждение. Это чисто прозвищная фамилия, типичная для северных и центральных областей России, где были распространены «семейные» прозвания на -уня: Хвастуня, Говоруня, Болтуня. Суффикс -ун-/-унj- придаёт прозвищу оттенок носителя постоянного признака или действия.

В ономастических справочниках фамилия редкая. Например, в словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные образования на -унин рассматриваются в ряду прозвищ от глагольных основ, но конкретный пример Букунин не фигурирует из-за его малочисленности. Это говорит о том, что фамилия могла возникнуть в одном или нескольких локальных гнёздах и не получила широкого распространения.

Таким образом, предок носителей фамилии Букунин, скорее всего, был человеком с заметным характером — угрюмым, молчаливым или, напротив, шумным, — за что и получил прозвище Букуня. Фамилия сохранила эту бытовую характеристику, превратив её в родовое имя.