Фамилия Бакунин — одна из тех, где на равных правах уживаются сразу две версии происхождения. Первая отталкивается от древнерусского глагола «бакунить» или «бакулить» — говорить, разговаривать. В этом случае прозвище Бакуня давали краснобаю, болтуну, человеку с острым языком, который любил и умел вести беседу. Вторая версия связывает фамилию с крестильным именем Абакум (церковная форма — Аввакум). Бакуня — это его естественная уменьшительная форма, вроде Ваня от Иван или Петя от Пётр. Обе гипотезы имеют под собой почву, и выбрать главную невозможно: слово «бакунить» действительно бытовало в северных и центральных говорах, а имя Аввакум было распространено на Руси задолго до раскола.

Интересно, что фамилия зафиксирована в документах уже в XVI веке. С. Б. Веселовский в своих ономастических работах приводит ранние записи: Бакуня Голощапов, крестьянин из Шуи (1579 год), а также Иван и Михаил Ивановичи Бакунины из Ярославля (1568 год). Эти ярославские Бакунины — не случайные люди: Ярославль был одним из крупнейших центров, где формировались фамилии на -ин, и местные корни фамилии прослеживаются очень чётко.

По модели образования фамилия относится к патронимическому типу на -ин. Суффикс -ин в русском языке указывает на принадлежность: «чей?» — «Бакунин», то есть сын, потомок Бакуни. Такая форма характерна для фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. Именно поэтому мы говорим Бакунин, а не Бакунов — последнее было бы логично от прозвища, оканчивающегося на согласный.

В социальном плане фамилия не была закреплена за каким-то одним сословием. Среди Бакуниных встречались и крестьяне (тот же Голощапов), и дворяне, и купцы. Самая известная ветвь — дворянский род Бакуниных, давший России дипломата и анархиста Михаила Бакунина, — ведёт происхождение из той же ярославской земли, что и упомянутые в XVI веке Иван и Михаил. Так что фамилия, при всей кажущейся простоте, уходит корнями глубоко в русскую историю, соединяя в себе и разговорное прозвище, и древнее церковное имя.