Фамилия Бакунев образована от прозвища или имени Бакун. В русском языке слово «бакун» имело два основных значения. Первое — так в некоторых южных и западных говорах называли сорт табака, а также сам процесс курения. Второе значение встречалось в новгородских и псковских землях, где «бакуней» могли прозвать болтуна, пустомелю или человека, который говорит невпопад. Оба варианта вполне могли стать основой для прозвища, которое затем закрепилось как фамилия.

Модель образования типична для русских фамилий: к основе «Бакун» добавили суффикс принадлежности «-ев». Этот суффикс указывал на то, что предок носителя фамилии был сыном или потомком человека по прозвищу Бакун. Такие фамилии чаще всего встречались в среде крестьян и посадских людей, где прозвища давали по внешним признакам, привычкам или роду занятий.

Географически фамилия Бакунев не привязана к одной области, но её концентрация заметна в центральных и южных регионах России. Встречается она и в документах XVII—XVIII веков, что говорит о давнем бытовании. Редкий суффикс «-ев» при основе на согласный «н» встречается реже, чем «-ов», но в данном случае он закономерен: если основа оканчивалась на твёрдый согласный, кроме шипящих и «ц», использовали именно «-ев» или «-ов». В разговорной речи фамилию могли произносить и как Бакунёв, с ударением на последний слог, но литературная норма закрепила вариант Бакунев.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Бакунов, Бакунин — показывает, что все они восходят к одному корню, но различаются суффиксами. Бакунов — более распространённая форма, а Бакунев — её менее частый вариант, что делает фамилию интересной для тех, кто изучает региональные особенности русских прозвищ.