Фамилия Бакун образована от древнего русского прозвища Бакун. Согласно одной из версий, в основе его лежит глагол «бакунить» – «говорить, разговаривать». Поэтому Бакуном могли называть говоруна, краснобая. Возможно также, что фамилия Бакун происходит от имени Бакун, уменьшительной формы мужского имени Абакум (Аввакум). Веселовского упоминаются однокоренные фамилии : Бакуня Голощапов, крестьянин, 1579 г., Шуя; Иван и Михаил Ивановичи Бакунины, 1568 г., Ярославль.