Фамилия Бакунин — один из тех случаев, где за простой, на первый взгляд, основой скрывается развилка из двух совершенно разных объяснений. И первое, что бросается в глаза: слово «бакуня» в русских говорах не было статичным именем, а жило сразу в двух ипостасях — как прозвище и как сокращённая форма церковного имени.

Самая прямая версия отталкивается от глагола «бакунить» или «бакулить» — говорить, болтать, точить лясы. В этом случае Бакуня — прозвище говорливого человека, краснобая, того, кто любит и умеет вести беседу. Модель образования типична для русских фамилий на -ин: сначала прозвище Бакуня, затем — «чей сын?» — Бакунин. Такие прозвища давали не в обиду, а скорее по заметной черте характера, так что предок-говорун мог быть и уважаемым рассказчиком, и просто человеком с живым языком.

Вторая версия уводит в другую сторону — к церковному имени Аввакум (в просторечии Абакум). Уменьшительная форма «Бакуня» здесь работает так же, как, скажем, «Ваня» от Иван. Имя Аввакум в переводе с древнееврейского означает «объятие» или «любящий», и в русской традиции оно было известно с древности, хотя встречалось не так часто, как, например, Иван или Пётр. Если фамилия пошла от этого имени, то её носители — потомки человека по имени Аввакум, которого в быту звали Бакуня.

Любопытно, что обе версии не противоречат друг другу исторически. В документах, на которые ссылается С. Б. Веселовский, фигурируют: Бакуня Голощапов, крестьянин из Шуи (1579 год), и Иван с Михаилом Ивановичами Бакуниными из Ярославля (1568 год). Эти записи показывают, что уже в XVI веке фамилия бытовала в разных регионах — и в центральной России, и в Поволжье. Причём прозвищная основа (Бакуня) и фамильная форма (Бакунин) сосуществовали одновременно, что говорит о раннем и естественном закреплении фамилии.

С точки зрения словообразования фамилия относится к группе «полуотчеств» на -ин, которые образовывались от личных имён и прозвищ, оканчивающихся на -а/-я. Это одна из самых древних и распространённых моделей в русской ономастике, наряду с фамилиями на -ов/-ев. Бакунины — не исключение, и их фамилия стоит в одном ряду с Пушкиными, Репиными или Голицыными, хотя корень у неё свой, особенный.

Спор между «говорливым прозвищем» и «церковным именем» остаётся открытым, и обе версии имеют право на существование. Возможно, в разных родах Бакуниных фамилия возникла независимо — где-то от живого прозвища, а где-то от имени Аввакум. Точный ответ дала бы только генеалогия конкретной семьи, но для общего понимания достаточно знать, что перед нами старинная русская фамилия, корни которой уходят в XVI век, а её основа — либо яркая черта характера предка, либо его редкое церковное имя.