Фамилия Бупина — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не профессия и не географическое название, а, скорее всего, звукоподражание или прозвище, связанное с диалектным глаголом «бупить». В северных и сибирских говорах это слово означало «говорить невнятно, бормотать, петь фальшиво, издавать глухой звук». Человека, который бубнил, пел себе под нос или говорил неразборчиво, могли прозвать «Бупа» — по аналогии с «бубнить» и «бупить», где корень передаёт глухой, низкий звук. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Бупин, то есть сын или потомок Бупы.

Версия с уменьшительной формой крестильного имени маловероятна: в православных святцах нет имени, которое давало бы столь короткую и нехарактерную основу. Более правдоподобно, что прозвище Бупа закрепилось за человеком с глуховатым голосом или за тем, кто имел привычку невнятно бормотать. В ономастике известны параллели: фамилии Бубнов, Бубенцов, Бубенчиков — все от звуковой основы, а Бупина — более редкий, локальный вариант той же модели.

Географически фамилия тяготеет к северо-востоку Европейской России: единичные носители встречаются в Вологодской, Кировской областях и в Пермском крае. Это косвенно подтверждает диалектную версию — именно в этих регионах глагол «бупить» фиксируется в этнографических записях. В других областях фамилия почти не встречается, что делает её ярким маркером определённой говорящей традиции.

Сословно предки Бупиных — скорее всего, крестьяне или посадские люди, получившие фамилию не по родовитости, а по бытовому прозвищу, которое закрепилось в документах при переписях XVIII–XIX веков. Форма на -ин типична для русских фамилий из прозвищ: она не требует дворянского статуса и встречается во всех слоях населения, но чаще — в среде, где фамилии фиксировали по отцу или деду.