Фамилия Бубины — довольно редкий пример того, как одно и то же прозвище могло возникнуть из совершенно разных источников. В её основе лежит имя или прозвище Буба, и тут открывается сразу несколько возможных путей.

Первая и самая бытовая версия ведёт к украинскому слову «бубка» — «ягода». Если предок был сборщиком или продавцом лесных ягод, его могли прозвать Бубой. Такие «профессиональные» прозвища давали по роду занятий, и они легко закреплялись за семьёй. Но тут есть нюанс: в русских говорах «буба» означала «ушиб», «опухоль» или «болячка». В этом случае прозвище могло быть оберегом — чтобы ребёнок рос здоровым, его нарочно называли «больным» именем, отводя беду. Такая практика была распространена у славян, и фамилия Бубин могла возникнуть именно из этого охранительного имени.

Есть и южнославянский след: Буба — это краткая форма от имени Любен (от общеславянского «любить»). То есть предок мог быть просто «любимым» человеком, а со временем сокращённое имя закрепилось как фамилия. Менее вероятна, но всё же упоминается связь с лезгинским словом со значением «отец» — это говорит о том, что в некоторых регионах фамилия могла иметь неславянские корни.

Интересно, что в старых источниках фамилию Бубин иногда путают с Бибиным из-за схожести звучания, но это разные роды. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Бубин, то есть сын или потомок Бубы. Такая модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин образовывались от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я.

Точное место и время возникновения фамилии установить сложно: Бубины встречаются и в псковских писцовых книгах, и в переписях казачьих старейшин на юге. Это говорит о том, что процесс шёл независимо в разных регионах. Зато ясно одно: фамилия не дворянская и не купеческая — скорее всего, её носили крестьяне или посадские люди, у которых прозвище переходило из поколения в поколение.