Фамилия Бубукин — один из тех редких случаев, когда происхождение почти наверняка лежит в звукоподражании или детской речи, а не в профессии или географическом названии. Основа «бубук» или «бубука» в русских говорах и фольклоре означала нечто невнятное, бормочущее или пугающее — вспомните «бука», «бабайка», «бубукать» (говорить неразборчиво, ворчать). Скорее всего, так в крестьянской среде могли прозвать человека с невнятной речью, ворчуна или, напротив, того, кто любил попугать детей страшными историями. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «сын Бубуки» или «из семьи Бубуки».

Интересно, что фамилия практически не имеет параллелей в других славянских языках, что говорит о её узколокальном, возможно, даже односельском происхождении. В дореволюционных переписях она встречается крайне редко, и основная зона её бытования — центральные и северные области России, где диалектное слово «бубука» было в ходу. В южнорусских говорах, где преобладала «бука» (отсюда фамилия Букин), вариант с удвоением «бу» почти не фиксируется.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с тюркским корнем «бубу» (сова, филин). В этом случае прозвище Бубука могли дать за схожесть с ночной птицей: крупные глаза, привычка сидеть молча или, наоборот, издавать резкие звуки. Однако для фамилии на -ин, типичной для русского севера, финно-угорское влияние (коми, удмуртское «буб» — глухой, немой) выглядит правдоподобнее тюркского. Таким образом, предок носителя фамилии Бубукин был, по всей видимости, либо человеком с негромким голосом и ворчливым нравом, либо обладателем прозвища, данного в шутку за манеру говорить «себе под нос».