Фамилия Бубин в своей основе имеет личное прозвище Буба. Сразу заметим, что это довольно редкая ономастическая модель: фамилия образована напрямую от основы «Буб-» с помощью патронимического суффикса -ин, что указывает на принадлежность («чей?» — Бубин, то есть сын Бубы). Такая модель типична для северных и центральных областей России, в отличие от южных, где чаще использовали суффикс -енко.

Сам корень «буб-» в русских говорах и соседних языках многозначен, поэтому у фамилии есть несколько версий происхождения.

Первая и самая бытовая версия связывает прозвище с украинским словом «бубка» — ягода. Согласно этой гипотезе, предок носителя фамилии мог заниматься сбором или продажей лесных ягод. Прозвище такого рода давали по роду занятий, и оно было понятно окружающим: человек, торгующий «бубкой», со временем сам становился Бубой.

Другая, не менее интересная версия, отталкивается от значения слова «буба» — шишка, опухоль, болячка. В старину такие прозвища нередко носили обережный, охранительный характер. Родители могли наречь ребёнка Бубой, чтобы отвести от него настоящие болезни: считалось, что имя-оберег отпугивает злых духов. Парадоксально, но называя сына «болячкой», ему желали крепкого здоровья.

Существует и третья версия, которая выводит имя Буба из южнославянских языков как краткую форму от имени Любен (от общеславянского «любить», «любимый»). В этом случае фамилия Бубин оказывается дальним родственником фамилии Любимов, но с усечённой основой. Впрочем, эта гипотеза менее вероятна для русской почвы: южнославянские краткие имена редко становились основой для фамилий с суффиксом -ин на территории Великороссии.

Наконец, есть указание на лезгинское имя Буба со значением «отец». Это совсем редкий, но возможный путь для фамилии, если её носители происходят с Кавказа или из контактных зон.

Таким образом, фамилия Бубин — неоднозначная по корню, но чёткая по словообразованию. Потомок человека по прозвищу Буба мог быть и ягодником, и обладателем обережного имени, и выходцем из славянских земель с юга. Какая из версий верна для конкретной семьи — можно попытаться выяснить только через историю рода и географию его расселения.