Фамилия Бубинова — женская форма фамилии Бубинов, и её происхождение стоит искать в мужском прозвище или имени, которое легло в основу. Словообразовательная модель проста: суффикс -ов- указывает на принадлежность («чей?»), то есть Бубинов — потомок или человек из рода Бубина. Сама основа «Бубин» скорее всего восходит к древнерусскому нецерковному имени или прозвищу Буба.

Что означало слово «буба»? В русских говорах, особенно северных и сибирских, «буба» — это детское название чего-то круглого, надутого, а также шишки, желвака или даже небольшой опухоли. Прозвище Буба могли дать полноватому, пухлому человеку или, наоборот, тому, у кого была заметная примета — родинка, шишка. В некоторых диалектах «буба» означала «глуповатый», «простак», но это значение менее распространено. В украинском и белорусском языках «буба» — это «болячка» или «рана», что тоже могло стать основой для прозвища.

Вторая, менее вероятная, версия связывает фамилию с крестильным именем. В святцах есть имя Вукол (от греческого «пастух»), в народной речи оно могло сократиться до Букол, а затем до Буба, но это редкий случай, и документальных подтверждений такой трансформации для фамилии Бубинов нет.

Географически фамилия Бубинов встречается нечасто, но имеет очаги в центральной России и Поволжье. Это указывает на то, что предки носителей фамилии были, скорее всего, крестьянами или посадскими людьми, а не дворянами: прозвищные фамилии от бытовых слов характерны для непривилегированных сословий. Суффикс -ин, а не -ов, был бы более типичен для основ на -а, но здесь мы видим именно -ов, что говорит о том, что в основе лежала форма Бубин — притяжательное прилагательное от Буба.

Таким образом, Бубиновы — это потомки человека по прозвищу Буба. Фамилия редкая, и её носители могут с высокой вероятностью считать, что их предок жил в крестьянской среде и получил своё прозвище за внешность или характер — скорее за округлость или мягкость, чем за что-то иное.