Фамилия Бубко происходит от мирского имени Бубка. В старину так называли ребёнка, и в основе этого прозвища лежит украинское слово «бубка» — «ягодка» в «окающем» произношении. Ласковое именование «ягодка» было естественным для горячо любимого малыша: родители желали, чтобы природа принимала ребёнка как своего, а к нему перешли полезные свойства ягод. Но есть и другая версия: имя Бубка могло иметь охранительное значение, оберегая младенца от сглаза или болезней.

Фамилия Бубко — это застывшая форма этого мирского имени, типичная для украинской ономастики. Суффикс -ко указывает на уменьшительно-ласкательное значение и характерен для фамилий, образованных от прозвищ или имён без патронимического суффикса. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, украинские фамилии на -ко (Бубко, Шевченко, Коваленко) склоняются как существительные мужского рода, но в бытовой речи часто остаются неизменяемыми.

Географически фамилия Бубко тяготеет к Украине и югу России, особенно к Черниговской, Полтавской и Харьковской областям. Встречаются и однокоренные варианты: Бубка, Бубкин, Бубков. Последние — результат обрусения украинской фамилии при переезде в великорусские губернии, где суффикс -ов добавляли для приведения к привычной модели.

Если отбросить версию с «ягодкой», можно вспомнить, что в южных говорах «бубка» иногда означала «почку на дереве» или «шишку». Тогда прозвище могло относиться к невысокому или плотному человеку — по сходству с округлой формой. Но первая версия, с ласковым именем, выглядит убедительнее: фамилии от «растительных» прозвищ в крестьянской среде встречались редко, а вот охранительные и ласкательные имена — сплошь и рядом.