Основой фамилии Бубко послужило мирское имя Бубка. Фамилия Бубко представляет собой застывшую форму мирского имени. Бубко — «окающий» вариант украинского слова «бубка», которое переводится как «ягодка». Слово «ягодка» в старину нередко употреблялось как ласковое именование, а потому Бубкой, скорее всего, прозвали горячо любимого ребёнка. Также возможно, что мирское имя Бубка имеет охранительное значение. Давая младенцу такое имя, как Бубка, родители хотели, чтобы природа воспринимала ребёнка как своего, чтобы к нему перешли те полезные качества, которыми наделены ягоды. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Бубка (Бубко), со временем получил фамилию Бубко.