Фамилия Бубук — редкий случай, когда прозвище сохранилось почти без изменений, без типичных русских суффиксов -ов, -ин или -ский. Это так называемая «неоформленная» фамилия, которую носили как есть, и чаще всего она встречается у потомков выходцев из юго-западных регионов — Украины, Беларуси или Молдовы, где такие модели распространены.

Основа фамилии — слово «бубук». В тюркских языках (крымскотатарском, турецком, гагаузском) bübük или bubuk означает «кукла», «маленький ребенок», а иногда — «зрачок» или «почка» (как часть растения). В переносном смысле так могли называть маленького, хрупкого человека или, наоборот, любимца, «куклу» — ласково, но с оттенком иронии. В украинских говорах есть похожее «бубук» — так говорят о толстом, коротком предмете или неуклюжем человеке, хотя это значение менее распространено.

Скорее всего, фамилия пошла от прозвища, которое дали либо за внешность (невысокий, круглолицый), либо за характер (тихий, «игрушечный»). В пользу тюркской версии говорит и география: фамилия Бубук встречается в основном в Одесской области Украины и в Молдове, где веками жили гагаузы и ногайцы. Записей о дворянских родах или старых боярских семьях с такой фамилией нет — это однозначно крестьянское или мещанское прозвание, которое закрепилось за родом в XIX веке при массовом учете населения.

В русском контексте фамилия могла исказиться: иногда в метриках писали «Бубут» или «Бубуков», но исходная форма Бубук — самая точная. Других версий происхождения, например от имени Буб (сокращение от Богдан или Будимир), практически нет — слишком специфично звучит корень. Так что перед нами яркий пример прозвища, которое говорит само за себя: предок носителя, скорее всего, был невелик ростом или слыл в селе «кукольным», опрятным человеком.