Фамилия Бубынин — одна из тех русских фамилий, чья основа уходит в прозвище, а не в крестильное имя. В её центре — прозвище Бубыня, и тут есть как минимум две версии происхождения, обе лингвистически обоснованные.

Первая версия связывает прозвище с русским диалектным словом «буба» — «ушиб, шишка, опухоль». В этом случае Бубыней могли прозвать человека с заметной внешней особенностью: родимым пятном, наростом или последствием старой травмы. Любопытно, что в польском языке есть близкое слово buba — «страх, пугало», так что не исключён и вариант, что прозвище указывало на пугливый или, наоборот, устрашающий нрав.

Вторая версия отталкивается от глагола «бубнить» — говорить невнятно, монотонно, постоянно повторять одно и то же. Тогда Бубыня — человек с такой манерой речи: бормотун, ворчун или зануда. Эта гипотеза выглядит не менее правдоподобно, потому что в русской ономастике прозвища по речевым особенностям встречаются часто (вспомним фамилии Говорунов, Молчанов, Воробьёв — от ворковать).

Словообразовательная модель проста: к основе Бубын- добавлен типичный русский суффикс принадлежности -ин. Фамилии на -ин в центральной России и на севере образовывали от основ, оканчивающихся на -а или -я: Бубыня → Бубынин означает «чей?» — «сын Бубыни», «потомок Бубыни».

Фамилия редкая, в больших справочниках по русским фамилиям она не фигурирует, что говорит о её локальном бытовании. Скорее всего, она возникла в одной из северных или центральных губерний, где прозвищные фамилии на -ин были особенно распространены среди крестьянства. Сословно — это крестьянская или мещанская фамилия, без дворянских корней.

Известных носителей с фамилией Бубынин, оставивших след в истории или культуре, в открытых источниках не обнаружено. Это типичная «фамилия одного корня»: она не разветвилась на множество ветвей, а сохранилась в узком круге потомков того самого Бубыни.