Фамилия Бубынина хранит в себе загадку прозвища Бубыня, от которого она образована. Исследователи предлагают несколько версий его происхождения, и все они рисуют яркий портрет возможного предка. Одна из гипотез связывает прозвище с русским словом «буба» — ушиб или опухоль, либо с польским buba, означающим «страх». В таком случае Бубыней могли прозвать человека с заметной внешней особенностью или, напротив, с опасливым характером.

Другая версия отталкивается от глагола «бубнить» — говорить неразборчиво, монотонно, постоянно твердить одно и то же. Здесь прозвище указывает уже на манеру речи или поведения: такой человек мог быть занудливым или просто иметь привычку бормотать себе под нос. Обе трактовки — и через внешность, и через характер — вполне правдоподобны, ведь прозвища на Руси часто давались по самому заметному качеству.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), поэтому Бубынин — это «сын Бубыни». Фамилия закрепилась в основном в центральных и южных регионах России, где прозвищные формы на -ыня были особенно распространены. Родственные фамилии — Бубин, Бубанов, Бубнов — имеют ту же основу, но с разными суффиксами, что говорит о самостоятельных очагах возникновения.

В отличие от многих дворянских фамилий, Бубынины происходят из крестьянской и мещанской среды. Прозвище не было связано с профессией или сословным статусом, а отражало личную черту — внешнюю или поведенческую. Со временем, когда потомки переселялись и меняли род занятий, фамилия оставалась единственной нитью, связывающей их с тем самым первым Бубыней, чей облик или привычки когда-то дали начало этому родовому имени.