Фамилия Бубынины — один из тех самобытных славянских родовых имен, где исходное прозвище настолько древнее, что его точное значение сегодня можно лишь реконструировать. В основе фамилии лежит прозвище Бубыня, а сама фамилия образована по стандартной восточнославянской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Бубынин, то есть сын или потомок Бубыни.

Что означало само прозвище Бубыня — предмет спора ономастов. Самая прямая версия связывает его с русским диалектным словом «буба» — ушиб, шишка или опухоль. В таком случае прозвище могли дать человеку с заметной телесной особенностью, например, с крупной родинкой или последствием травмы. Есть и польская параллель: buba — «страх», «пугало». Если это так, то прозвище могло отражать характер — боязливого или, наоборот, пугающего окружающих человека.

Третья, не менее правдоподобная гипотеза, отталкивается от глагола «бубнить» — говорить невнятно, монотонно, бормотать себе под нос. В этом случае прозвище Бубыня закреплялось за человеком с неразборчивой речью или за тем, кто любил повторять одно и то же. Такие прозвища по поведению — один из самых архаичных пластов славянской антропонимии.

Обратите внимание на суффикс -ын-: в фамилии Бубынин он не типичный -ов, а именно -ин, что характерно для прозвищ и имён, оканчивающихся на -а или -я (Бубыня → Бубынин). Такая модель была особенно распространена в северных и центральных русских землях. Это косвенно указывает на возможную географию возникновения фамилии — регионы, где преобладала именно эта словообразовательная традиция.

Фамилия не получила широкого распространения и осталась достаточно редкой. Это значит, что род Бубыниных, скорее всего, происходит из одной локальной группы, а не из нескольких разрозненных родов. Точное место и время возникновения фамилии можно установить только в ходе конкретных генеалогических изысканий — по писцовым книгам, ревизским сказкам или метрическим записям конкретной губернии.