Фамилия Бушковы (в мужском роде — Бушков) образована от личного прозвища Бушко, что сразу относит её к самому распространённому типу русских фамилий — отчество от прозвища или имени. В основе прозвища лежит либо глагол «бушевать» (шуметь, буянить, озорничать), либо диалектное слово «буша» — так в некоторых говорах называли гуляку, вспыльчивого и буйного человека. Прозвище могли дать и по профессии: «бушить» или «бушевать» иногда означало «шиновать колёса», то есть оковывать ободья железом. Так что предок Бушковых мог быть либо человеком с неспокойным нравом, либо мастером-колёсником.

Словообразовательная модель типична для восточнославянских фамилий: суффикс -ов присоединяется к основе на -о (Бушко → Бушков). Это указывает на то, что фамилия окончательно оформилась не раньше XVI–XVII веков, когда такие отчества стали передаваться по наследству. Встречается фамилия в разных регионах, но чаще — в северных и центральных областях России, где диалектная лексика сохраняла слово «буша» в значении «буян».

Версия о происхождении от названия города Буши или реки Бушка маловероятна: топонимических параллелей с таким корнем в русском ономастиконе почти нет, и фамилия устойчиво держится в кругу прозвищных, а не географических. Таким образом, фамилия Бушковы — живой памятник народной речи, сохранивший в себе либо характеристику характера, либо забытое ремесло.