Фамилия Бускунов связана с башкирским родоплеменным делением, а не с профессией или внешностью. Её основа — прозвище Бускун, которое давали представителю одного из родовых подразделений башкир. Такое прозвище прямо указывало на этническую принадлежность родоначальника: он был из группы «бускун». Само название этого подразделения, скорее всего, восходит к башкирскому глаголу «босоу» — «таиться, притаиться». Возможно, так прозвали людей, живших скрытно, в глухих местах, или же это было древнее тотемное имя.

Со временем прозвище Бускун превратилось в личное имя, утратив изначальный смысл. От него через стандартную русскую модель с суффиксом -ов и появилась фамилия Бускунов: «сын Бускуна». Фамилия эта редкая и географически привязана к юго-востоку Башкортостана. В Книге памяти Республики Башкортостан зафиксированы носители из Абзелиловского района: башкиры Бускунов Султан Кутлугалямович (1867 года рождения, деревня Балапаново) и Бускунов Сунагат (1882 года рождения, деревня Самяново). Эти записи подтверждают, что фамилия бытовала в среде коренного башкирского населения еще в XIX веке.