Фамилия Бутькунов — редкий случай, когда прозвищная основа угадывается почти сразу, но её точное значение остаётся под вопросом. Словообразовательная модель прозрачна: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей сын?» — Бутькунов), а корень Бутькун- восходит к прозвищу Бутькун. Такая модель характерна для русских фамилий, оформленных в XVI–XVII веках, когда сына называли по отцовскому прозвищу.

Самая вероятная версия связывает Бутькуна с диалектным глаголом «бутькать» или «бутыкать» — стучать, колотить, бить. В северных и сибирских говорах «бутькать» означало глухо ударять, стучаться, а «бутька» — глухой звук удара или сам предмет, которым стучат. Прозвище Бутькун могли дать человеку с тяжёлой походкой, тому, кто ходил вразвалку и стучал ногами, либо, наоборот, мастеру, работавшему с молотком, — бондарю, кузнецу, плотнику. Суффикс -ун в русских прозвищах активен: он образует названия людей по характерному действию (ворчун, молчун, бегун). Бутькун — тот, кто «бутькает», стучит.

Менее убедительная версия выводит основу от слова «бутылка», но фонетически переход от «бутылк-» к «бутьк-» маловероятен для русского языка, а суффикс -ун при таком корне нестандартен. В некоторых говорах «бутькой» называли бочонок или кадку, что снова возвращает нас к бондарному ремеслу.

География фамилии узкая: по данным переписей и телефонных справочников, Бутькуновы встречаются почти исключительно в Западной Сибири, особенно в Новосибирской и Томской областях. Это указывает на возможное переселение из северных губерний России в XVIII–XIX веках — именно северные говоры сохраняли глагол «бутькать». В центральных и южных регионах фамилия практически не зафиксирована.

Известных носителей с этой фамилией, оставивших след в истории или культуре, нет — это редкая крестьянская фамилия, не попавшая в дворянские родословные. Сословно предки Бутькуновых, скорее всего, были государственными или экономическими крестьянами, занимавшимися ремёслами, где требовалось «бутькать» — стучать молотком или обтёсывать дерево.