Фамилия Бутома звучит нехарактерно для русского уха — и это первая подсказка. По модели образования (основа на -а, ударение на последний слог) она явно не великорусская, а скорее украинская или южнорусская. В украинском языке слово «бутома» не фиксируется как нарицательное, но его можно связать с глаголом «бути» (быть) или диалектным «бутати» — стучать, колотить, бить. Вероятнее всего, прозвище Бутома дали человеку с шумным, неуёмным характером или, наоборот, тому, кто работал с глухими ударами — например, кузнецу или плотнику.

Суффикс -ома встречается в украинских фамилиях нечасто, но вполне узнаваем: ср. Борома, Голома. Он придаёт основе оттенок прозвищности, часто с экспрессивной окраской. Таким образом, Бутома — это не патроним (не «сын такого-то»), а прямое прозвище, которое закрепилось за родом без изменений. В русских переписных книгах фамилия не встречается, что подтверждает её позднее и локальное бытование — скорее всего, в Черниговской, Полтавской или Херсонской губерниях.

Есть и более редкая версия: связь с тюркским «бутум» — конец, завершение. Но она маловероятна, поскольку фамилия не имеет типичных тюркских суффиксов и географически тяготеет к славянскому югу. Если искать однокоренные аналоги, то ближе всех украинская фамилия Бута, а также русская Бутин — но там основа другая (от «бу́та» — каменная кладка).

Известных носителей фамилии немного, самый заметный — советский инженер-кораблестроитель Борис Бутома, министр судостроительной промышленности СССР. Его фамилия в официальных документах писалась именно так, без изменений, что подтверждает её украинское происхождение (в русском языке она не склонялась бы по падежам иначе). В целом фамилия остаётся редкой, и её носители сегодня разбросаны по Украине, югу России и диаспоре.