Фамилия Бутонин образована от прозвища или нецерковного имени Бутоня. В русских говорах «бутон» — это почка, завязь, нераспустившийся цветок. Прозвище Бутоня могли дать невысокому, плотному, коренастому человеку — по аналогии с тугой, налитой почкой. В словаре Даля зафиксировано и слово «бутонить» в значении «надуваться, пучиться, топорщиться», что тоже могло стать основой для прозвища, характеризующего внешность или даже характер.

Фамилия построена по самой распространённой в русском ономастиконе модели: на базе прозвища на -я присоединяется притяжательный суффикс -ин, означающий «чей?» — «сын Бутони». Бутоня → Бутонин. Суффикс -ин типичен для фамилий, образованных от основ на -а/-я, и в этом смысле Бутонин стоит в одном ряду с такими фамилиями, как Фомин, Савин, Кузьмин.

Географически фамилия редкая. По данным переписей и архивных записей, Бутонины встречаются в основном в центральных и северных областях России — в Вологодской, Костромской, Кировской областях. В этих местах слово «бутон» в бытовой речи могло иметь и местные оттенки значения: например, в костромских говорах «бутоня» — это пухлый, полный ребёнок.

Версия о происхождении от французского bouton (пуговица) маловероятна: фамилия явно старше, чем массовое заимствование из французского в дворянском быту XVIII–XIX веков. Кроме того, суффикс -ин указывает на народную, крестьянскую среду, а не на дворянскую, где чаще встречались фамилии на -ов/-ев от основ на твёрдый согласный.

Искать корни фамилии стоит в прозвищном мире русской деревни, где внешность человека — рост, комплекция, осанка — легко становилась его вторым именем. Бутонин — не от цветка, а от человека, которого за плотность или округлость в шутку прозвали Бутоней.