Фамилия Бышкин — редкий случай, где в основе лежит не имя и не профессия, а, скорее всего, прозвище, данное за внешность или повадку. Корень «бышк-» в русских говорах многозначен. В ряде диалектов, особенно на юге и западе России, «бышка» или «бышок» — это уменьшительное от «бык». Прозвище Бык давали людям упрямым, крепким или с мощной шеей, а форма Бышка, Бышкин — ласкательная или уменьшительная, как «сынок» от «сын». Так могли назвать не самого главного упрямца, а младшего или того, кого дразнили в шутку.

Другая версия связана с диалектным словом «бышка» — голова, башка. В некоторых областях так говорили о человеке с большой или круглой головой, либо смышлёном. Если принять эту версию, Бышкин — потомок того, кого прозвали Голован или Башка. В пользу этой гипотезы говорит то, что фамилии от частей тела (Лобов, Носов, Щекин) — обычное дело, а суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей сын?» — Бышкин.

Версия с тюркским корнем маловероятна, хотя фамилия встречается и в Поволжье. Слово «быш» в тюркских языках означает «пять» или «шило», но ни одно из значений не ложится в русскую модель прозвища так естественно, как местные диалектные «бык» и «голова». Скорее всего, перед нами чисто восточнославянская фамилия, образованная от прозвища, которое закрепилось за одним человеком в крестьянской или мещанской среде.

Фамилия редкая, недворянская, и в исторических списках её носители — преимущественно крестьяне и мещане центральных и южных губерний. Встречается она и в украинских вариантах (Бишкін), что подтверждает диалектную природу корня. Таким образом, Бышкин — это «сын Бышки», а сам Бышка — либо маленький бычок, либо головастый парень.