Фамилия Чаплагин — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти вытеснило исходное слово из живого языка. В основе лежит «чапла́га» — так в южных и западных говорах называли цаплю. Ударение в фамилии падает на второй слог: Чапла́гин.

Слово «чаплага» — диалектный вариант от общеславянского «цапля», с характерным чередованием ц/ч (ср. «царапать» — «чарапать»). Уменьшительно-пренебрежительный суффикс -аг- (-яг-) придавал прозвищу оттенок либо насмешки, либо ласки: «длинноногий, как цапля», «тощий», реже — «болотный человек», который живёт у воды или носит серую одежду. В некоторых говорах «чаплагой» дразнили и высокого, нескладного парня.

Фамилия образована по стандартной патронимической модели: прозвище Чаплага → Чаплагин, то есть «сын Чаплаги». Суффикс -ин указывает на принадлежность к конкретному человеку, а не к роду занятий, — в отличие от фамилий на -ов/-ев. Это типично для прозвищ, оканчивающихся на -а: Кузьмин, Ильин, Чаплагин.

Географически фамилия привязана к южнорусским и украинским областям — там, где слово «чаплага» было в ходу. Встречается в воронежских, курских, ростовских архивах, а также среди донских казаков. В центральных и северных регионах России она практически не известна.

Родственная фамилия — Чаплин, но у неё другая основа: от «чапля» (церковнославянская форма) или от прозвища Чапа («цепляться»). Чаплагин же — более архаичный и диалектный вариант, сохранивший звуковой облик, который в литературном языке не закрепился.