Фамилия Чарлина — редкий случай, когда основа слова ставит перед исследователем больше вопросов, чем ответов. На слух она кажется женской формой от мужской фамилии Чарлин, и в большинстве современных случаев так оно и есть: в документах Чарлина — это вариант для женщины, а её отец, муж или брат носит фамилию Чарлин. Но исторически, в крестьянской и мещанской среде, фамилии на -ин образовывались напрямую от прозвища или имени отца, и Чарлина могла быть исходной формой для целой семьи, где главу звали Чарла или Чарля.

Главная сложность — корень «чар-». В русских говорах слово «чара» означало «чаша», «кубок», а «чарка» — небольшой сосуд для вина. Отсюда легко представить прозвище Чарла для любителя выпить или, наоборот, для мастера, делавшего деревянную или глиняную посуду. Однако более вероятна связь с тюркскими языками: в татарском и башкирском «чар» (с ударением на «а») означает «круг», «колесо», а в переносном смысле — «ловушка», «силок». Прозвище Чарла могли дать человеку круглолицему, либо тому, кто ставил силки на зверя — охотнику.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Чарлина — «дочь (или жена) Чарлы». Модель образования типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин так же распространены, как на -ов на юге. Но географическая привязка фамилии Чарлина неочевидна: в дореволюционных переписях она встречается единично, преимущественно в Поволжье и на Урале — регионах с сильным тюркским влиянием. Это косвенно подтверждает версию о заимствованном корне.

Стоит упомянуть и альтернативную, хотя и менее убедительную, версию: связь с глаголом «чаровать». В этом случае Чарла — это «колдун», «чародей». Но для образования прозвища от глагола «чаровать» естественнее форма Чародей или Чаровник, а не Чарла. Поэтому версия с тюркским «чар» или с русской «чарой» (кубком) выглядит предпочтительнее.

В итоге: фамилия Чарлина, скорее всего, происходит от прозвища Чарла, которое дали либо охотнику, ставившему силки (тюркская версия), либо человеку, связанному с изготовлением или употреблением посуды для питья (славянская версия). Однозначного ответа нет, но обе гипотезы укладываются в бытовую логику русских прозвищ XVI–XVII веков.