Фамилия Чарнуха звучит необычно, и её происхождение стоит искать в прозвище, а не в церковном имени. В основе лежит украинское или белорусское слово «чарнуха» — так в народе называли чернику, иногда черёмуху или другие тёмные ягоды. Прозвище Чарнуха могли дать человеку со смуглой кожей, тёмными волосами или просто тому, кто любил собирать и продавать чернику. Корень — «чорн-» (чёрный), а суффикс «-уха» характерен для восточнославянских прозвищ, часто ироничных или описательных: например, Горюха, Скоруха. В русском языке этот суффикс встречается реже, чем в украинском, что прямо указывает на юго-западное происхождение фамилии.

Модель образования проста: прозвище Чарнуха перешло в фамилию без дополнительных суффиксов — это так называемая «патронимическая» форма в именительном падеже, типичная для украинских и белорусских фамилий. В официальных документах XIX века, особенно после ревизских сказок, такое прозвище могли записать как есть, не добавляя -ов или -ин. В России фамилия могла русифицироваться в Чарнухов, но вариант Чарнуха сохранился у носителей, чьи предки не переходили на великорусскую модель.

Географически фамилия привязана к Черниговщине, Полтавщине, Гомельщине и Брянщине — регионам, где говор на стыке украинского и белорусского. Встречается и у русских старообрядцев, переселившихся на юг, но там она — явный след украинского влияния. Словарь Б. Унбегауна относит подобные фамилии на -уха к «нестандартным», подчёркивая их диалектную природу.

Есть и вторая, менее вероятная версия: от слова «чарнуха» в значении «колдунья» (от «чары»). Но в народной этимологии это значение почти не закрепилось — слишком сильна связь с ягодой и цветом. Сословная принадлежность у фамилии низкая: крестьяне, ремесленники, однодворцы. Дворянских родов Чарнуха не известно.

Носители фамилии сегодня — это, скорее всего, потомки украинских или белорусских крестьян, получивших прозвище по внешности или занятию. Фамилия редкая, и её написание устойчиво: ударение на второй слог — Чарну́ха.