Фамилия Чекис — редкий случай, когда прозвище или профессиональное название перешло в фамилию почти без изменений, без привычных русских суффиксов -ов, -ин или -ский. В этом её главная особенность. Скорее всего, перед нами не обрусевшая форма, а исходное слово, закрепившееся в качестве фамилии у народов, где такие модели обычны, — например, у литовцев, латышей или евреев-ашкеназов.

Если отталкиваться от балтийских языков, основа «ček-» или «ček-» могла означать либо «ожидание» (лит. čekti — ждать, дожидаться), либо быть вариантом прозвища от «čekis» — «проверка, досмотр». В литовской ономастике фамилии без окончаний на -as, -is встречаются, но реже; форма Чекис могла возникнуть как русифицированная запись литовской Čekis. В таком случае предок мог получить прозвище за медлительность («вечно ждущий») или, наоборот, за должность досмотрщика, контролера.

Другая версия ведёт к идишу и немецкому. В еврейской среде Восточной Европы фамилия могла образоваться от местечкового прозвища «чекист» — но не в советском смысле, а от идишского «чеке» (щекá) или «чекн» (проверять, щупать). Прозвище могли дать человеку с приметной щекой (шрам, родинка) либо торговцу, который «проверял товар на ощупь». В пользу этого говорит то, что фамилия Чекис встречается среди еврейских переселенцев в США и Аргентине начала XX века.

Советский контекст здесь — ложный след. Фамилия фиксируется в метрических книгах XIX века, задолго до создания ВЧК. Случайное совпадение с аббревиатурой «ЧК» породило бытовую легенду, но она не выдерживает критики: в те годы фамилии по названиям советских учреждений не образовывали.

Географически фамилия тяготеет к западным губерниям Российской империи — Ковенской, Виленской, Гродненской, а также к Курляндии. В современной России она редка, чаще встречается в Литве и Латвии, где сохранила исходное звучание. Ударение, судя по литовским аналогам, падает на первый слог: Че́кис.

Таким образом, носитель фамилии Чекис с большой вероятностью происходит из балтийского или еврейского местечкового мира, а его предок был либо человеком с характерной внешностью, либо занимался проверкой — товаров, документов или просто терпеливо ждал своего часа.