Фамилия Челис — редкий случай, когда фамилия почти наверняка не славянская по происхождению, хотя и живёт в русском контексте. В ней нет типичных русских суффиксов вроде -ов или -ин, и это сразу подсказывает путь поиска: скорее всего, перед нами фамилия, пришедшая из другого языка и адаптированная на русской почве.

Самая вероятная версия — литовское или жемайтское происхождение. В литовском языке есть слово čelė («пчелиная колода», «борть») или čelys («улей»). Фамилия Челис могла быть прозвищем бортника — человека, который добывал мёд диких пчёл в лесах. Такие промысловые прозвища были распространены в Великом княжестве Литовском, а после присоединения этих земель к Российской империи многие литовские и белорусские фамилии вошли в русские метрические книги без изменений. Окончание -ис — типичный литовский суффикс, образующий фамилии.

Менее вероятная, но возможная версия — итальянский след. В итальянском языке есть слово celice («слепец») или фамилия Celis, встречающаяся на севере Италии. Однако для массового появления итальянских фамилий в России нет исторических предпосылок, кроме единичных случаев переселения архитекторов или художников в XVIII–XIX веках. Поэтому эта гипотеза — скорее экзотика, чем реальность.

В русском контексте фамилия Челис могла появиться и как усечённая форма от Челищев. Фамилия Челищев известна с XVI века (дворяне Челищевы, упоминаемые в разрядных книгах). Если крестьянин или мещанин терял окончание -ев в документах или его записывали на слух, могла возникнуть форма Челис. Но это всё же вторичный вариант: основная масса носителей фамилии Челис, судя по современным данным, сосредоточена в Литве и Калининградской области, что подтверждает первую версию.

География фамилии сегодня — преимущественно Литва, Латвия, а также русскоязычные анклавы в Прибалтике. В России фамилия встречается точечно, без явного «гнезда». Сословная принадлежность предков, скорее всего, была крестьянской или мещанской: бортничество, лесные промыслы, а затем и городские ремёсла. Дворянских родов с такой фамилией в гербовниках нет.