Фамилия Чекоданов образована от прозвища Чекодан. В русских говорах «чекуш» или «чекан» — это деревянный молоток, киянка, а «чеканить» значило «обивать, отбивать молотком». Человек, работавший с таким инструментом — бондарь, плотник, сапожник, — мог получить прозвище Чекодан. Форма на «-ан» в прозвищах (ср. Резан, Колотун) типична для северных и сибирских говоров, где суффикс придавал слову оттенок грубоватой, но уважительной характеристики по действию.

Менее вероятная версия связывает фамилию с тюркским словом «чекода» (сундук, короб), но в русской ономастике этот корень не зафиксирован: фамилий на «-данов» с тюркской основой крайне мало, и они тяготеют к южным регионам, а Чекодановы распространены в центральной России и Поволжье. Суффикс «-ов» указывает на типичную для XVI–XVII веков модель: сын Чекодана, то есть потомок человека с таким прозвищем.

В архивных записях фамилия встречается с XVII века: в 1678 году в переписной книге Темникова упомянут стрелецкий сын Гришка Чекоданов. Темников — один из старейших городов-крепостей на засечной черте, где служилые люди нередко получали прозвища по ремеслу или орудию. Таким образом, предки Чекодановых с высокой вероятностью были либо ремесленниками (кузнецами, бондарями), либо служилыми людьми «по прибору» — стрельцами или пушкарями, которые в мирное время занимались мастерством.

Фамилия редкая: в современных справочниках она не входит в первую тысячу по частотности. Основной ареал — Нижегородская, Рязанская и Пензенская области, что совпадает с зоной расселения служилого люда в XVI–XVII веках. Интересно, что в XIX веке часть Чекодановых перебралась на Урал — в метрических книгах Пермской губернии фигурируют крестьяне и горнозаводские рабочие с этой фамилией.