Возможно, оно образовано от украинского глагола «чепуляти» - «идти, прихрамывая». Также можно предположить, что фамилия образовалась от мирского имени Чепуль, которое выполняло так называемую «охранительную» функцию и использовалось в качестве оберега. В данном случае, надеясь иметь здорового и красивого ребенка, родители назвали его Чепулем. Так и прозвище Чепуль закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем стало фамилией Чепуль.