Фамилия Чепусева — женская форма фамилии Чепусев, и её происхождение стоит искать в прозвище или имени дальнего предка. Основа фамилии — «Чепус» или «Чепуса» — слово, которое в русских говорах имело несколько значений.

Наиболее вероятная версия: «чепус» — диалектное название чепухи, пустяка, ерунды. В некоторых областях так могли называть болтливого, пустомелю или, наоборот, человека, который говорит невпопад и несёт околесицу. Прозвище давали с иронией: не обязательно за глупость, а скорее за манеру речи или склонность к пустым разговорам.

Менее распространённая, но лингвистически возможная версия связывает корень с «чепушить» — в рязанских и тамбовских говорах это означало «чесать, почёсывать», а в переносном смысле — «медлить, копаться». Тогда Чепуса — прозвище нерасторопного, задумчивого человека.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ев указывает на принадлежность («чей сын?» — Чепусев). Фамилия образована от прозвища, а не от крестильного имени, что характерно для поздних русских фамилий (XVII–XVIII века), особенно в крестьянской и мещанской среде. В дворянских родах такие «бытовые» основы встречаются реже.

Географически фамилия Чепусев (и Чепусева) тяготеет к центральным и южнорусским областям — Тамбовской, Рязанской, Воронежской. В этих краях диалектные слова на «чепус» действительно фиксировались этнографами. Встречаются и однокоренные фамилии: Чепурин, Чепуров — они образованы от тех же корней, но с разными суффиксами.

Таким образом, предок современных Чепусевых, скорее всего, получил прозвище за особенности речи или характера — ироничное, но без злого умысла. Фамилия не редкая, но и не массовая: по данным современных справочников, её носят несколько сотен человек в России, преимущественно в Черноземье.