Фамилия Черчагин — редкий пример, когда за основу взято не имя, не профессия и не черта характера, а, скорее всего, звукоподражательное или диалектное слово. В отличие от типичных «профессиональных» фамилий, Черчагин не говорит прямо, чем занимался предок, а намекает на его манеру речи или особенности голоса.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность «сын такого-то» или «из семьи такого-то». Основа — личное прозвище Черчага. Что оно означало? В русских говорах, особенно северных и сибирских, «черчать» или «черчить» означало издавать скрипучий, хриплый звук, говорить сипло или картаво. «Черчага» — человек с таким голосом, либо тот, кто постоянно «черчит» — ворчит, бормочет себе под нос. В словаре В. И. Даля зафиксирован глагол «черчать» в значении «скрипеть, хрипеть», что делает эту версию наиболее прямой и правдоподобной.

Менее вероятна, но не исключена связь с диалектным «черчатый» — пестрый, рябой (от «черчать» в значении «чертить, испещрять»). Тогда прозвище Черчага мог получить человек с рябым лицом или в пестрой одежде. Однако, учитывая, что фамилия крайне редкая и не имеет массовых «цветовых» аналогов (вроде Пестрякова или Рябова), версия с голосом кажется более конкретной и личной.

Географически фамилия тяготеет к северо-востоку европейской части России. Встречается в старых переписях Вологодской и Архангельской губерний, а также на Урале. Это согласуется с ареалом бытования глагола «черчать» — он типичен для архангельских и вологодских говоров. В центральных и южных областях фамилия почти не фиксируется.

Сословная принадлежность носителей, судя по доступным архивным данным (например, ревизским сказкам XIX века), — государственные крестьяне и мещане. В дворянских родословных книгах Черчагины не значатся. Фамилия не получила широкого распространения и осталась в рамках локальных крестьянских родов, что только подкрепляет версию о прозвище, данном за индивидуальную особенность речи, а не за ремесло или должность.