Фамилия Чернаткина образована от прозвища Чернатка. Оно берет начало от прилагательного «черный» со значением «темный, смуглый». Вероятно, именование Чернатка указывает на особенности внешности его обладателя. Так могли назвать того, кто имел волосы темного цвета или смуглую кожу. Возможно также, что фамилия Чернаткина происходит от прозвища Чернаткин, восходящего к топониму Чернатка. Так называется деревня в Шумячском районе Смоленской области России. Можно предположить, что именование Чернатка принадлежало выходцу из Чернатки. Так и прозвище Чернатка закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Чернаткина. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Чернатка, со временем получил фамилию Чернаткина. Представители фамилии Чернаткиных внесены в некоторые Памятные книги. Так, например, в Книге памяти Республики Башкортастан упоминается Ефим Васильевич Чернаткин, родившийся в 1891 году в селе Кага Белорецкого района БАССР.