Фамилия Черненая — редкий пример фамилии, образованной не от имени или прозвища, а напрямую от прилагательного. Это «окаменевшая» форма женского рода: в старых документах так могли записать вдову или жену по прозвищу мужа, но со временем окончание -ая закрепилось как постоянное, а не менялось по падежам. В современных русских фамилиях такая модель встречается нечасто, чаще она свойственна южнорусским и украинским говорам, где прилагательные в роли фамилий (Белая, Веселая) сохраняли исходную форму.

Основа «черн-» указывает на цвет волос, кожи или одежды. Прозвище Чёрный давали людям с тёмными волосами, смуглым лицом, а также тем, кто постоянно носил чёрную одежду — например, монахам или работникам, чей труд пачкал лицо и руки (кузнецы, угольщики). В некоторых говорах «черненым» называли предмет, выкрашенный в чёрный цвет, но вряд ли это стало причиной для фамилии: прозвище по цвету волос встречается в сотни раз чаще.

Вероятнее всего, предок носительницы фамилии получил прозвище Чернень или Черняй, а в официальных записях XVII–XVIII веков его жену или дочь записали как «Черненая». Позже фамилия закрепилась за потомками независимо от пола. Географически фамилия тяготеет к югу России и Украине: в старых переписях Черненая встречается среди казачьих родов Курской, Воронежской областей и на Кубани, где фамилии на -ая особенно устойчивы.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Чернов, Черняев, Черненко) показывает, что Черненая — одна из самых редких. Если Черновых в России сотни тысяч, то Черненая — единичные случаи, часто в одном роду. Это делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: встретив такую фамилию в архиве, можно с высокой вероятностью найти связь с конкретной семьёй, а не с разрозненными носителями.