Фамилия Чернёный — редкий случай в русской ономастике, где прилагательное стало фамилией, сохранив исконное ударение на последнем слоге. Это не типичная модель на -ов или -ин, а полное прилагательное в именительном падеже, мужского рода. Такая форма указывает, что фамилия закрепилась за человеком как прозвище: его звали Чернёный, и это слово стало его родовым именем.

Основа прозвища — «чернёный». В русских говорах у этого слова несколько значений. Самое прямое — «покрашенный в чёрный цвет», «почерневший». Но чаще всего так называли человека с очень тёмными, чёрными волосами, смуглой кожей или просто того, кто постоянно ходил в чёрной одежде. В некоторых областях «чернёным» могли прозвать кузнеца или угольщика — человека, чья работа оставляла на нём чёрную сажу и копоть. Возможно и другое, более переносное значение: «чернёный» как «хмурый», «нелюдимый» или «пахотный» (в противоположность «белому» духовенству или «красному» войску).

С точки зрения словообразования, фамилия Чернёный стоит в одном ряду с Толстый, Кривой, Грязнов, но отличается суффиксом -ён- (от глагольной формы причастия). Это сближает её с фамилиями вроде Копчёный или Солёный, которые тоже образованы от причастий, но редко переходят в разряд фамилий. Такая модель встречается в основном в южнорусских и украинских говорах, где прилагательные-прозвища легче становились фамилиями без дополнительных суффиксов.

В дореволюционных документах фамилия могла писаться и через «о» — Черноный, что отражает акающее произношение. Носители Чернёного — это, скорее всего, потомки крестьян или ремесленников, у которых прозвище закрепилось по внешнему признаку или роду занятий. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Сейчас фамилия встречается очень редко, в основном в центральных и южных областях России, а также на Украине.