Фамилия Черниног — редкий случай, когда её происхождение почти наверняка связано с географическим названием, а не с личным прозвищем. Основа «Черни-» сразу отсылает к городу Чернигову, но здесь есть важная деталь: безударное «о» в конце могло замениться на «а» в произношении, а на письме закрепилась форма «Черниног». Скорее всего, перед нами вариант фамилии Чернигов, образованный от названия города через суффикс -ов, но с характерной северной или южной диалектной заменой «г» на «к» или «х» — в данном случае «г» осталась, а изменилось окончание.

Если опираться на словообразовательную модель, суффикс -ов указывает на принадлежность: Черниног — «тот, кто из Чернигова». В русской ономастике такие фамилии давали переселенцам, которые переезжали в другие регионы и получали прозвище по месту прежнего жительства. Носитель фамилии Черниног — потомок человека, который в XVI–XVII веках уехал из Чернигова, возможно, на север или в Сибирь, и стал там «черниговцем». Фамилии на -огов, -ог встречаются в северных говорах, где «город» мог произноситься как «горот», а «Чернигов» — как «Чернигоф», что при записи давало неожиданные формы.

Другая, менее вероятная версия — прозвище от слов «черный» и «нога»: «черноногий» как описательная характеристика человека в чёрной обуви или с тёмной кожей на ногах. Но против этого говорит типичная для фамилий структура: прилагательное с суффиксом -ов редко образуется от сложных основ с «нога», обычно это «Черноножкин», «Черноногов». Форма «Черниног» без соединительной гласной «о» между корнями — аномалия, которая скорее указывает на искажение топонима, чем на живое прозвище.

Встречаемость фамилии крайне низкая. По данным переписей и телефонных справочников, Черниног — единичные случаи, в основном на Урале и в Сибири, что подтверждает версию о переселенцах из Черниговской губернии. В дореволюционных документах эта фамилия не фиксируется как дворянская или купеческая — скорее всего, предки были крестьянами или мещанами, получившими фамилию при переписи в XIX веке.