Фамилия Черниркова — женская форма мужской фамилии Чернирков. В основе, скорее всего, лежит прозвище или нецерковное имя Чернир. Такие имена на -ир встречаются в русской традиции нечасто, но они есть: например, Семир, Косир. В данном случае первая часть — черн- (от «чёрный»), вторая — -ир, что может быть остатком древнего сложения или переделкой другого слова. Самая прямая версия: Чернир — это человек с чёрными волосами или смуглой кожей, то есть тот же смысл, что у фамилий Чернов, Чернышов, Черняев, но оформленный по другой модели.

Менее вероятно, но стоит упомянуть: Чернир могло быть искажением имени Чернигор (от «Чернигов»), если носитель или его предок был выходцем из этого города. Однако в этом случае фамилия скорее звучала бы как Черниговский или Черниговцев. Форма Чернирков говорит в пользу прозвища, а не топонима.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: Чернирков — «сын Чернира». Фамилия редкая, в списках массовых не встречается, что говорит о её локальном происхождении. Скорее всего, она возникла в северных или центральных губерниях России, где сохранялись архаичные формы имён и прозвищ. Никаких известных исторических носителей фамилии в открытых источниках нет — это фамилия «одного гнезда», не распространившаяся широко за пределы одного села или волости.

Если разбирать по звучанию, Чернирков могло возникнуть и как вариант фамилии Чернурков (от «чёрный» + «нур» — диалектное «нора» или марийское «нур» — «поле»), но это уже гадание на границе языков. Самое правдоподобное объяснение — прозвище по внешности, закрепившееся в фамилии, которую носили крестьяне или однодворцы.