Фамилия Черницыны — редкий случай, когда в основе лежит не прозвище или профессия, а почти забытый церковный термин. В старину «черницами» называли монахинь (от «чёрный» — цвет монашеской одежды). Соответственно, Черница — это не имя, а либо вдова, ушедшая в монастырь, либо просто женщина, принявшая постриг. Фамилия образована по самой распространённой модели: к основе Черниц- добавился суффикс -ын, который указывает на принадлежность («чей?» — сын Черницы). Со временем форма «Черницыны» закрепилась как множественное число от «Черницын», обозначая весь род.

В отличие от фамилий вроде Попов или Дьяков, где корень указывает на отца-священника, здесь связь не прямая. Предок мог быть не сыном монахини (это невозможно по канонам), а, скорее, приёмным или подкинутым ребёнком, которого воспитывали в монастыре. Вторая версия — прозвище Черница могли дать мужчине за смуглую кожу или тёмные волосы, но это менее вероятно: для таких случаев чаще использовали «Чернавка», «Чернуха» или «Черняй». В говорах слово «черница» означало ещё и чернику, но фамилий от названий ягод практически не встречается — это исключительно ономастический курьёз.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным губерниям России, где монастырская культура была сильнее. В переписных книгах XVII века встречаются крестьяне и посадские люди с прозвищем Черница — например, в Вологодском и Костромском уездах. Интересно, что форма «Черницыны» (с окончанием -ы) типична для родовых фамилий, которые складывались в XVI–XVII веках, когда на вопрос «Чьи будете?» отвечали множественным числом: «Мы Черницыны». Позже, при закреплении фамилий в XIX веке, многие такие семьи перешли на форму «Черницын» в единственном числе, но часть сохранила старую традицию.

Сравните с однокоренными: Чернецов (от «чернец» — монах), Чернавин (от «чернавый» — смуглый). Черницыны стоят особняком: их родословная почти всегда упирается в женскую монашескую обитель, что для патриархального общества было необычным и запоминающимся фактом. В советское время фамилия стала редкой — многие носители меняли её из-за ассоциации с «чернотой» или неблагозвучия. Сегодня Черницыны встречаются в основном на Урале и в Сибири, куда предки переселились в ходе колонизации XVIII–XIX веков.