Фамилия Чернуйшев — редкий случай, когда даже на уровне корня начинаются вопросы. Если сразу попробовать разобрать её по составу, напрашивается связь с «чёрный»: черн- — очевидная основа. Но дальше начинается необычное. Суффикс -уйш- встречается в русских фамилиях крайне редко. В большинстве случаев фамилии на -ушев (например, Барабушев, Караушев) восходят к прозвищам, образованным от глаголов с суффиксом -уш- (типа «барабушить» — болтать, шуметь). Здесь же — -уйш-, что может указывать на вариант написания или диалектное произношение.

Самая правдоподобная версия: Чернуйшев — это патронимическая фамилия от прозвища Чернуйша. Прозвище, в свою очередь, скорее всего, образовано от прилагательного «чёрный» с помощью уменьшительно-ласкательного суффикса -уйш(а). В русских говорах такие формы фиксировались: Чернуха, Чернушка, Чернуй — имена или прозвища для человека с тёмными волосами, смуглой кожей или просто мрачного нрава. Суффикс -уйша мог придавать оттенок «маленький, черненький», как в диалектных «малуйша» или «горбуйша». Таким образом, Чернуйша — это «черненький», а Чернуйшев — «сын Чернуйши».

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с топонимом. В некоторых областях (например, в бывшей Вологодской губернии) встречаются названия урочищ или речек типа Чернуй, Чернуйка. Тогда Чернуйшев мог образоваться от названия местности через прозвище жителя — Чернуйша, но и тут основа остаётся той же: «чёрный».

Суффикс -ев указывает на принадлежность: чей? — Чернуйшев. Обычно такие фамилии закреплялись за крестьянами или посадскими людьми в северных и центральных регионах России. Сословно это, скорее всего, крестьянская или мещанская фамилия, без дворянских корней — слишком редкая и нестандартная модель.

В современных справочниках фамилия не упоминается в списках распространённых. По данным открытых источников, носители Чернуйшевых встречаются единично, в основном в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает её диалектное происхождение. Если искать однокоренные фамилии, то Чернушкин, Чернухин, Чернавин — все они от того же корня, но Чернуйшев выделяется своей необычной суффиксальной конструкцией, которая делает фамилию почти уникальной.