Фамилия Чертогонов образована от прозвища Чертогон. По одной из версий, оно ведет свое начало от аналогичного нарицательного со значением «травянистое колючее растение семейства сложноцветных». Давая младенцу такое прозвище, как Чертогон, родители хотели, чтобы природа воспринимала ребёнка как своего, чтобы к нему перешли те полезные качества, которыми наделён избранный представитель животного или растительного мира. Возможно также, что основой для прозвища послужили два слова: существительное «черт» и глагол «гнать». В таком случае прозвище Чертогон относится к числу «профессиональных» именований, содержащих указание на деятельность основателя фамилии: он мог быть шаманом, знахарем, изгоняющим чертей. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Чертогон, со временем получил фамилию Чертогонов.