Фамилия Черунова почти наверняка образована от прозвища или мирского имени Черун. Сама основа «чер-» в русских фамилиях чаще всего отсылает к цвету: «чёрный». Но напрямую «Черун» — нестандартная форма. В отличие от привычных Чернов, Черняев или Чернышов, здесь мы видим суффикс -ун, который в древнерусском языке придавал слову значение деятеля или носителя яркого признака. «Черун» — это буквально «тот, кто черен»: человек с очень тёмными волосами, смуглой кожей или, что вероятнее, носивший чёрную одежду постоянно (например, монах или крестьянин, работавший с углём, дёгтем, в кузнице). Суффикс -ун часто давал прозвища за характерную манеру поведения или внешности: говорун, молчун, бегун. «Черун» — из того же ряда, но с цветовой окраской.

Модель образования простая: основа Черун + патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей сын?» — Черунов). Фамилия Черунова — женская форма от Черунов. Встречаемость фамилии невысокая, что говорит о её локальном происхождении. Скорее всего, корни уходят в северные или центральные области России, где сохранялись архаичные прозвищные формы, не вытесненные более массовыми вариантами. В ономастических справочниках (например, у Б. Унбегауна) разбирается тип фамилий на -унов, и они считаются более редкими и древними, чем на -ов от имён прилагательных.

Интересная деталь: в некоторых говорах «черун» могло означать не просто чёрный, а «чернокнижник», «колдун» — человека, связанного с тёмными силами. Это прозвище могли дать знахарю или человеку с необычным, «тяжёлым» взглядом. Однако в бытовой среде чаще всего прозвище закреплялось за реальным физическим признаком. Таким образом, предок носительницы фамилии Черунова был, скорее всего, заметно темноволосым человеком в светловолосом окружении, либо занимался ремеслом, оставлявшим сажу и копоть. Социальный статус — крестьяне или посадские люди; фамилия не выглядит дворянской или искусственной, а возникла естественным путём в общине.