Фамилия Чибунина образована от прозвища или нецерковного имени Чибуня. В русской антропонимии суффикс -ин указывает на принадлежность: Чибунин — «сын Чибуни» или «человек из семьи Чибуни». Основа фамилии — корень «чиб-», который восходит к диалектному слову «чиб» или «чиба». В говорах русского Севера и Сибири «чиб» означало «чибис» — птицу из семейства ржанковых. Прозвище Чибуня могли дать человеку за внешнее сходство с этой птицей (например, за длинные ноги, хохолок или крикливость) либо за манеру поведения — суетливого, тревожного, как чибис на болоте.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с тюркскими корнями: в татарском и башкирском языках «чиб» или «чубук» — «ветка», «прут». В этом случае Чибуня могло быть прозвищем худого, долговязого человека, похожего на хворостину. Однако географическое распространение фамилии не подтверждает эту гипотезу: Чибунины встречаются преимущественно в центральных и северных областях России, где тюркское влияние слабее, а диалектное слово «чибис» хорошо известно.

Обратите внимание на суффикс -ун- в основе. В русских прозвищах суффикс -ун(я) часто придавал экспрессивный оттенок: Чибуня — не просто «чибис», а «чибисёнок», «чибис с оттенком ласковости или пренебрежения». Такие модели были типичны для крестьянской среды XV–XVII веков, когда фамилии только начинали закрепляться. Получается, что предок носителя фамилии, скорее всего, был простым человеком, получившим уличное прозвище за характерную черту — и необязательно отрицательную.

По сословной принадлежности Чибунины, как и большинство носителей фамилий на -ин, относились к крестьянам или посадским людям. Дворянских родов с такой фамилией в исторических источниках не зафиксировано. Встречается фамилия и в женской форме Чибунина — это патроним по отцу, обычная практика для русских фамилий на -ин.