Фамилия Чистоногов — один из ярких примеров «говорящих» русских фамилий, образованных от прозвища. В её основе лежит прилагательное «чистый» и существительное «нога». Прозвище Чистоног могли дать человеку, который отличался особой опрятностью, следил за собой, не терпел грязи на одежде и обуви. В крестьянской среде, где работа в поле или в хлеву была повседневностью, такая черта бросалась в глаза и запоминалась.

Словообразовательная модель типична для восточнославянских фамилий: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?» — Чистоногов), то есть сын или потомок Чистонога. По этой же схеме образованы фамилии Кривошеев, Сухоруков, Белоногов — все они описывают внешнюю примету или особенность предка.

Интересно, что в отличие от фамилий, где «чистый» могло означать нравственную чистоту (Чистяков, Чистов), в случае с Чистоноговым привязка сугубо бытовая, телесная. Это не прозвище-характеристика, а прозвище-наблюдение. В ономастических словарях, например в работах Б. Унбегауна, подобные фамилии относят к разряду «прозвищных», возникших в среде простых людей — крестьян и посадских, где не было принято давать фамилии по профессии или месту жительства, зато ценилась меткая бытовая деталь.

Географически фамилия рассеяна, но чаще встречается в северных и центральных регионах России (Вологодская, Архангельская, Костромская области), где в говорах слово «чистоногий» иногда употребляли как ироничное прозвище для того, кто слишком много внимания уделяет внешнему виду, вплоть до брезгливости. Встречаются и варианты написания — Чистоноговов (с двойным суффиксом), но это более редкая форма, возникшая из-за переосмысления: фамилию «подгоняли» под стандартный патронимический ряд.

Версия, что прозвище могло быть связано с чистотой ног как отсутствием увечий или кожных болезней (например, «чистоногий» в значении «не хромой»), маловероятна: в русском языке для этого использовали прилагательное «прямоногий» или «здоровый на ногу». Так что главный смысл фамилии — опрятность, а не здоровье.