Фамилия Чистраков — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано не с аккуратностью, а с диалектной лексикой. Вопреки интуитивному сближению со словом «чистый», корень здесь иной.

В русских говорах, особенно северных и сибирских, «чистрак» — это не «чистюля», а наоборот: неряха, грязнуля, человек, который ходит неопрятным. У В. И. Даля в его словаре зафиксировано именно это значение: «чистряк» (с вариантом «чистрак») — тот, кто не моется, не чешется, ходит в нечистом. Прозвище Чистрак давали человеку с небрежной внешностью, возможно, с насмешкой или укором. От этого прозвища через стандартную модель — притяжательный суффикс -ов — и образовалась фамилия: Чистраков, то есть «сын Чистрака».

Такая семантика типична для «охранительных» имён и прозвищ в крестьянской среде: называя ребёнка или взрослого «некрасивым» словом, якобы отводили от него сглаз и беды. Однако в случае с Чистраковым прозвище, скорее всего, закрепилось за взрослым человеком по реальному признаку.

Фамилия географически привязана к северу и северо-востоку Европейской России. В переписных книгах XVII века Чистраковы встречаются в Вятском крае, в Пермской губернии, а также в Поморье. Это зона, где диалектное слово «чистрак» было в ходу, и где преобладала модель фамилий на -ов от прозвищ.

Интересно, что написание фамилии устойчиво: через «и», а не через «е» (Честраков). Встречаются единичные случаи варианта Чистряков — с тем же корнем, но другим суффиксальным оформлением. Оба варианта восходят к одному и тому же диалектному слову, так что Чистряков и Чистраков — фактически однокоренные фамилии-дублёры.

Таким образом, предок современных Чистраковых был не образцом опрятности, а человеком, получившим прозвище за небрежный вид — и это прозвище, вопреки своему значению, оказалось живучим и дало начало целому роду.