Фамилия Чобаня — редкий пример, когда основа и суффикс вместе перенесены в русскую фамилию из другого языка без переделки. Она происходит от тюркского слова «чобан» — пастух, чабан. Это слово широко известно в южнорусских и украинских говорах, куда пришло из крымскотатарского, турецкого или румынского языков. Фамилия Чобаня — не русская по модели образования: в русском языке фамилии на -я обычно имеют иную природу (уменьшительные формы имен, вроде Костя, или украинские фамилии на -я, вроде Пантеля). Здесь же -я — это, скорее всего, румынский или молдавский артикль, превративший слово «чобан» в фамилию со значением «пастух» (как в румынском Ciobanu). То есть Чобаня — это не «сын пастуха», а сам пастух, прозвище, застывшее в форме имени.

Носители фамилии Чобаня в России и на постсоветском пространстве — это, как правило, потомки выходцев из Молдавии, Бессарабии или южных областей Украины, где было сильно румынское влияние. Встречается фамилия и у гагаузов — тюркского народа, исповедующего православие, у которого слово «чобан» тоже в ходу. В русских документах фамилию могли записать по слуху: Чобаня, Чабаня, Чобань. Встречается и вариант Чобан, но Чобаня — именно с тем самым румынским окончанием, которое указывает на происхождение из зоны контакта тюркских и романских языков.

Социальный контекст прост: предки носителя фамилии были пастухами, скорее всего, овечьими чабанами. В степных и предгорных районах Молдавии и юга Украины это было массовое занятие. Фамилия недворянская, некупеческая — чисто крестьянская, профессиональное прозвище. Интересно, что в отличие от русских фамилий на -ов (Чобанов), где суффикс указывает на принадлежность («пастухов сын»), Чобаня сохранила исходную форму прозвища — как бы «тот самый пастух». Это делает фамилию более древней по типу, архаичной для русского ономастикона, но живой для балканской и карпатской традиции.

Споров о происхождении почти нет: тюркская основа и румынское оформление — общепринятая версия. Редкие попытки связать фамилию с венгерским «чобан» (то же значение) или с цыганским языком несостоятельны: цыгане заимствовали это слово у тех же тюрков. Фамилия Чобаня — наглядный маркер миграции: носитель с такой фамилией почти наверняка имеет корни в зоне бывшей Бессарабской губернии или в Молдавии.