Фамилия Чоботов образована от прозвища Чобот. Оно берет начало от существительного «чобот» («чебот») со значением «сапог», «мужская и женская обувь; высокий башмак по щиколотку». Вероятно, именование Чобот относится к профессиональным и указывает на род занятий его обладателя. Именования, образованные от нарицательного «чобот» («чебот») достаточно древние. В Ономастиконе Веселовского упоминаются Чобот Ивана Васильевич Чулков, крестьянин Чеботай из Белоозера, житель Рязани Чеботай Канчеев, новгородец Чеботарь Иван Тверитин, жившие в XV – XVII века. Фамилия Чоботов принадлежала окольничему Ивана Грозного Ивану Яковлевичу Чоботову. Так и прозвище Чобот закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Чоботов. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Чобот, со временем получил фамилию Чоботов.