Фамилия Чоботюк — яркий пример украинской модели фамилий на -юк. Суффикс -юк (наряду с -ук, -чук) в украинской ономастике указывает на уменьшительность или принадлежность: «маленький», «сын», «ученик» или «слуга» того, кто назван в основе. Таким образом, Чоботюк — это «сын Чобота» или «маленький Чобот». Основа здесь — прозвище Чобот.

Чобот — это старинное русское и украинское слово, обозначающее сапог, особенно высокий мужской сапог. В словаре В. И. Даля «чобот» — это «сапог с коротким голенищем», а в украинском языке «чобiт» (родительный падеж «чобота») — просто сапог. Прозвище Чобот могли дать сапожнику, то есть мастеру, который шил и чинил обувь. Это одна из самых прямых и частых версий для ремесленных фамилий. Однако, как и у многих прозвищ по предметам одежды, у Чобота мог быть и переносный смысл: так могли назвать человека с толстыми, неуклюжими ногами или того, кто носил необычно большие сапоги.

В отличие от фамилий, образованных от крестильных имён (Иван → Иванов), Чоботюк идёт от прозвища, которое давалось по профессии или внешнему признаку. Такие фамилии редко встречаются в дворянской среде и характерны для крестьянского и ремесленного сословия Правобережной Украины, Подолья, Волыни и Галичины. Именно в этих регионах суффикс -юк особенно распространён.

В русском языке аналогом этой модели будет фамилия Чоботов (с суффиксом -ов). Но Чоботюк — более точный маркер украинского происхождения. Если ваш предок носил эту фамилию, он с высокой вероятностью был сапожником или жил в среде, где это ремесло было основным, а его родня и соседи звали его по отцу: «чей ты?» — «Чоботюк», то есть из рода Чобота.

В написании фамилии возможны варианты: через «ё» (Чоботюк) или через «о» (Чоботюк), но в русской передаче ударение обычно падает на последний слог: Чоботюк.