Фамилия Чокоев образована от тюркского имени или прозвища Чокой. В основе лежит слово «чок» — в ряде тюркских языков оно означает «обилие», «множество», а также «вершина» или «кочка». В тюркской ономастике имя Чокой могло даваться ребенку как пожелательное: чтобы у него было много всего — скота, детей, удачи. Реже за основу берут диалектное «чокой» — «глухой звук», «стук», откуда прозвище мог получить человек с глухим голосом или, напротив, шумный, громкий.

Суффикс -ев указывает на русскую модель патронимической фамилии, типичную для народов, вошедших в состав Российской империи. Чокоев буквально значит «сын Чокоя» или «потомок Чокоя». Такие фамилии массово закреплялись в XIX веке, когда у башкир, татар, казахов и других тюркских народов стали записывать фамилии по отцу с русскими окончаниями. Поэтому наиболее вероятный ареал фамилии — Башкортостан, Татарстан, Оренбуржье, а также северный Казахстан.

В отличие от более частых фамилий на -ов, суффикс -ев здесь стоит после мягкого согласного «й» (Чокой → Чокоев), что характерно для основ на -й. Если бы исходное имя звучало как Чок, фамилия была бы Чоков. Эта деталь — верный признак того, что предка звали именно Чокой, а не Чок.

Среди однокоренных — фамилии Чокин, Чоков, Чокаев, Чокоев встречается реже, что делает её более локальной. Точных данных о сословной принадлежности Чокоевых нет, но, судя по модели образования, это крестьянская или казачья фамилия, а не дворянская. В метрических книгах XIX века её носители — чаще всего башкиры-вотчинники или государственные крестьяне из юго-восточных губерний.