Фамилия Чубачинов — из числа тех, что хранят загадку в основе. Если разбирать её по составу, сразу бросается в глаза нестандартный суффикс -инов. В русских фамилиях он встречается реже, чем привычные -ов и -ев, и часто указывает на нерусское происхождение основы или на позднее оформление фамилии в канцеляриях. В данном случае перед нами, скорее всего, патроним — фамилия, образованная от личного имени или прозвища предка.

Корень «Чубач» — вот главная точка расхождения. Самая прямая версия отсылает к слову «чуб» — прядь волос, хохол, оселедец. «Чубачом» на юге России и Украине могли называть человека с заметным, длинным чубом, либо того, кто его носил как отличительный знак. В казачьей среде, где чуб был символом вольности и принадлежности к сословию, такое прозвище было бы особенно уместно. Тогда Чубачинов — это «сын Чубача», то есть потомок человека, получившего уличное имя за свою причёску.

Вторая, менее очевидная версия, ведёт к слову «чубатый» — так в некоторых говорах называли птицу с хохолком (например, удода) или, в переносном смысле, неопрятного, лохматого человека. Но и здесь прозвище остаётся в рамках внешних признаков.

География фамилии размыта, но её концентрация заметна в Ростовской области, Краснодарском крае и на востоке Украины — то есть в зоне исторического расселения донского и запорожского казачества. Это косвенно подтверждает первую версию: прозвище Чубач могло закрепиться за казаком, а его дети уже стали Чубачиновыми.

Суффикс -инов вместо -ов может быть следствием диалектного произношения или ошибки писаря при записи: «Чубачев» со временем трансформировалось в «Чубачинов» под влиянием других фамилий на -инов (например, Мичурин, Бородин). В любом случае, фамилия недвусмысленно указывает на то, что родоначальник выделялся среди окружающих своей внешностью — скорее всего, длинным чубом, который в определённой среде считался не просто причёской, а знаком статуса.