Фамилия Чубачина — редкий случай, когда женская форма фамилии (на -а) закрепилась в качестве основной. В русской традиции фамилии на -ин обычно образуются от основ на -а/-я (Пушкин, Репин), но Чубачина — это не «жена Чубачина», а исходная форма, которая не меняется по мужскому роду. Такое бывает, когда фамилия фиксировалась в документах по материнской линии или когда носительница была главой семьи на момент записи. Встречается она преимущественно в северных и центральных областях России, где патронимические фамилии на -ин особенно распространены.

Основа фамилии — «чубач» или «чубака». Это прозвище, которое давали человеку с заметным чубом: длинной прядью волос на лбу или макушке. В русских говорах «чуб» — не просто прядь, а часто признак молодцеватости, удали, даже некоторой дерзости. Чубачом могли назвать парня, который носил кокетливый чуб, или, наоборот, человека с неопрятной, торчащей шевелюрой. В украинском и южнорусском контексте «чуб» — знак запорожского казака, поэтому прозвище могло указывать на происхождение из казачьей среды.

Суффикс -ин в фамилии Чубачина указывает на принадлежность: «чей?» — Чубачин, то есть сын или потомок Чубачи. Слово «чубач» само по себе могло быть и отчеством, и прозвищем. В документах XVII–XVIII веков встречаются однокоренные фамилии — Чубаков, Чубарев, Чубатый, но Чубачина стоит особняком из-за своего окончания.

Есть и вторая, менее вероятная версия: фамилия могла образоваться от топонима — названия деревни Чубачино или Чубачи. Такие села известны в Тверской и Псковской областях. Тогда Чубачина — это «выходец из Чубачей», и корень здесь не прозвищный, а географический. Но в ономастике чаще принимают первую гипотезу: прозвище от «чуб» — самое простое и естественное объяснение для фамилии такого типа.

Сословно носители фамилии Чубачина, скорее всего, были крестьянами или мещанами. В дворянских родословных эта фамилия не зафиксирована. В переписях XIX века Чубачины встречаются в Вологодской и Костромской губерниях — в тех краях, где чуб как деталь внешности имел особое значение в мужской моде крестьянской молодёжи.