Фамилия Чубачуп — редкая, вероятно, искусственная или прозвищная, и её происхождение неочевидно. Скорее всего, она не связана с традиционными русскими моделями образования на -ов, -ев или -ин. Основа «чубач» может восходить к украинскому или южнорусскому слову «чуб» (хохол, прядь волос) с характерным суффиксом -ач, который в украинском языке часто образует названия лиц по характерному признаку (например, «вусач» — усач, «бородач» — бородач). Таким образом, «чубач» — человек с заметным, длинным или торчащим чубом. Вторая часть — «уп» — нехарактерна для славянских фамилий. Она может быть искажением суффикса -ук/-юк, распространённого на западе Украины и в Белоруссии (обозначает «сын» или «потомок»). В таком случае исходная форма могла быть Чубачук, а «уп» появилось из-за неграмотного написания или диалектного произношения (оглушение «к» на конце или замена на «п»). Другая версия: фамилия могла возникнуть в среде, где смешивались языки, например, в пограничных регионах, или быть искусственно созданной в советское время при смене документов. В любом случае, корень «чуб» указывает на прозвище по внешности — предок носителя фамилии, вероятно, выделялся пышной шевелюрой или длинным чубом, который носили запорожские казаки. География бытования фамилии крайне узкая, она практически не встречается в исторических переписях и современных справочниках, что подтверждает её локальный или поздний характер. Если фамилия действительно украинская, то её носители могли происходить из Черниговской или Полтавской губерний, где прозвища на -ач были обычны.